Me he fijado en los ejemplos y (creo) que he podido comprender un poco más con respecto a la creación de objetos, métodos y funciones.
Me gustaría saber si es factible crear objetos para "casi" todo, como en mi ejemplo. No tengo claro aún si esto consume más recursos o menos.
Prometo poner comentarios en todo el ejemplo, pero no tengo demasiado tiempo para todo.
Aquí el Main:
/**
 * @author (David Martínez) 
 * @version (a version number or a date)
 */
public class comparadorDeLetras
{
    public  static void main (String [] args)
    {
        muestraEnPantalla.pidePalabra (1);
        String palabra1 = registra_Teclado.introducePalabra();
        muestraEnPantalla.pidePalabra (2);
        String palabra2 = registra_Teclado.introducePalabra();
        
        int masLarga = Compara.palabraLarga(palabra1,palabra2); // Asigna el valor recibido al entero masLarga. 
        int masCorta = Compara.palabraCorta(palabra1,palabra2); // Asigna el valor recibido al entero masCorta.
        
        muestraEnPantalla.palabraMasLarga (masLarga);
        muestraEnPantalla.palabraMasCorta (masCorta);
        int recorrePalabra=0;
        boolean esIgual=false;
        String letra1="";
        String letra2="";
        
        while (recorrePalabra < masCorta){
            letra1 = palabra1.substring(recorrePalabra,recorrePalabra+1);
            letra2 = palabra2.substring(recorrePalabra,recorrePalabra+1);
            
            esIgual = Compara.igualdad(letra1,letra2);
            muestraEnPantalla.igualdad(esIgual,recorrePalabra,letra1,letra2);
            recorrePalabra = recorrePalabra + 1;
        }
         
        while (recorrePalabra < masLarga)
        {
            if (palabra1.length() == masCorta)
            {
                letra2 = palabra2.substring(recorrePalabra,recorrePalabra+1);
                letra1 = "";
            }
            else
            {
                letra1 = palabra1.substring(recorrePalabra,recorrePalabra+1);
                letra2 = "";
            }
            esIgual = Compara.igualdad(letra1,letra2);
            muestraEnPantalla.igualdad(esIgual,recorrePalabra,letra1,letra2);
            recorrePalabra = recorrePalabra + 1;
        }
    }
}
Una clase solo para leer el teclado:
import java.util.Scanner;
/**
 * Write a description of class registra_Teclado here.
 * 
 * @author (David Martinez) 
 * @version (a version number or a date)
 */
public class registra_Teclado
{
    public registra_Teclado()
    {
    }
    static String introducePalabra()
    {
         Scanner palabra = new Scanner (System.in);
         String objPalabra = palabra.nextLine();
         return objPalabra;
    }
}
Otra para visualizar los datos en pantalla:
/**
 * @author (David Martinez) 
 * @version (a version number or a date)
 */
public class muestraEnPantalla
{
    public muestraEnPantalla()
    {  
    }
    
    static void pidePalabra(int y)
    {
        System.out.println("Introduce la " + y + "ª. palabra.");
    }
    
    static void palabraMasLarga (int letras)
    {
        System.out.println("La palabra mas larga tiene " + letras + " letras.");
    }
    
    static void palabraMasCorta (int letras)
    {
        System.out.println("La palabra mas corta tiene " + letras + " letras.");
    }
    
    static void igualdad (boolean iguales,int recorrido, String letra1,String letra2)
    {
       if (iguales == false && letra1==""){ System.out.println("La palabra1 no tiene letra " + (recorrido + 1));}
       else if (iguales == false && letra2==""){ System.out.println("La palabra2 no tiene letra " + (recorrido + 1)); }  
       else {System.out.println("Letra " + (recorrido + 1) + " igual en las dos palabras? " + iguales);}
   
    }
}
Y la última para comparar los datos:
/**
 * @author (David Martinez) 
 * @version (a version number or a date)
 */
public class Compara
{
    /**
     * Constructor for objects of class Compara
     */
    public Compara()
    {
    }
    static int palabraLarga (String palabra1,String palabra2)
    {
        int larga = 0;
        
        if (palabra1.length() > palabra2.length()) { larga = palabra1.length();}
        else { larga = palabra2.length();}
        return larga;
    }
    
    static int palabraCorta (String palabra1,String palabra2)
    {
        int corta = 0;
        if (palabra1.length() < palabra2.length()) { corta = palabra1.length();}
        else { corta = palabra2.length();}
        return corta;
    }
    
    static boolean igualdad (String letra1,String letra2)
    {
        if (letra1.equals(letra2)){ return true;}
        else { return false;} 
    }
}
Volver a agradecer el esfuerzo que se hace por ayudarnos a todos los que queremos aprender..
Espero vuestros consejos.
Gracias