Vaaale, ahora lo pillo.
Efectivamente con split() y una matriz de enteros para usar como contadores, se puede hacer, pero de otra forma distinta a la que te explicaron, que creo es más fácil o al menos suena más lógica.
A la hora de analizar digitos, primero elegimos una posición, y luego recorremos todas las cadenas que nos ha dado el split(), analizando que dígito encontramos en esa posición.
Es decir, empezamos por la posición 0.
Pues a cada cadena, preguntamos que tiene en 0.
Y en la matriz, incrementamos contador, según la posición y el dígito encontrado
Si encontramos un '1'.
Pues en matriz[0][1] incrementamos el contador.
Cuando encontramos un '5', se incrementa matriz[0][5]
Etc...
Luego pasamos a posición 1, y repetimos el mismo proceso.
Que se encuentra un '8',.., pues se incrementará matriz[1][8]
Siempre previamente comprobando que el valor que toca analizar, tiene longitud suficiente para consultar la posición actual.
Dejo un código con varios comentarios explicando cada línea, a ver si se entiende bien, porque si es un pelín engorroso el proceso si no se está acostumbrado a trabajar con matrices.
Cualquier duda, preguntad:
public class Digitos {
	public static void main(String[] args) {
		
		//Cadena de digitos para analizar
		String cadena =",12,34,56,78,34,23,45,567,3452,43246";
		//Separamos los digitos de esta cadena, en varias cadenas agrupadas en array
		String[] valores = cadena.split(",");
		
		/*
		 * Usaremos una matriz para contar las repeticiones de digitos
		 * en cada posición. Pero antes tenemos que averiguar cuantas posiciones
		 * habrán. Esto depende de cuánto mide la cadena más larga, así que 
		 * vamos a recorrer todas las cadenas y averiguar la longitud mayor. 
		 */
		int mayor = 0;
		for (String valor: valores)
			if (valor.length() > mayor)
				mayor = valor.length();
		
		/*
		 * Tenemos la longitud mayor. Podemos crear la matriz.
		 * La primera dimensión la indica la longitud mayor, es decir,
		 * cuántas posiciones vamos a evaluar.
		 * La segunda dimensión será el valor 10, porque cada posición
		 * puede contener 10 posibles digitos (0 a 9)
		 */
		int[][] repeticiones = new int[mayor][10];
		
		/*
		 * Ahora recorremos cada posición de cada cadena, con bucles anidados,
		 * teniendo en cuenta que no todas las cadenas miden lo mismo
		 * y algunas tendrán posiciones que otras no tienen.
		 * Evaluaremos el digito encontrado en cada posición y lo contaremos
		 * en el espacio adecuado de la matriz.
		 */
		
		for (int posicion = 0; posicion < mayor; posicion++) {
			for (String valor: valores) {
				/*
				 * Primero comprobamos si la posición actual
				 * está dentro del rango de tamaño de este valor
				 */
				if (posicion < valor.length()) {
					switch (valor.charAt(posicion)) {
					case '0'://Incrementamos contador e matriz, según la posicion y digito
						repeticiones[posicion][0]++;
						break;
					case '1':
						repeticiones[posicion][1]++;
						break;
					case '2':
						repeticiones[posicion][2]++;
						break;
					case '3':
						repeticiones[posicion][3]++;
						break;
					case '4':
						repeticiones[posicion][4]++;
						break;
					case '5':
						repeticiones[posicion][5]++;
						break;
					case '6':
						repeticiones[posicion][6]++;
						break;
					case '7':
						repeticiones[posicion][7]++;
						break;
					case '8':
						repeticiones[posicion][8]++;
						break;
					case '9':
						repeticiones[posicion][9]++;
						break;
					}
				}
			}
			//Ya se han analizado todos los valores en esta posición.
			//Se repite mismo proceso, en la siguiente posición
		}
		
		/*
		 * Ya se han recorrido todos los valores de la cadena de números
		 * y tenemos la repetición de cada digito en cada posición.
		 * Recorremos la matriz para mostrar resultados.
		 */
		
		for (int posicion = 0; posicion < repeticiones.length; posicion++) {
			System.out.println("\nPosicion " + (posicion + 1));
			for (int digito = 0; digito < 10; digito++)
				if (repeticiones[posicion][digito] > 0) {
					System.out.print("Número: " + digito);
					System.out.println(" -- Cantidad: " + repeticiones[posicion][digito]);
				}
		}
	}
}