Buenas, el ejercicio está bien resuelto y cumple con lo que se pedía. La estructura del código (un script directamente dentro del body) no es la que se utiliza en los ejemplos del curso. Si quiere verse una solución sin el script directamente dentro del body puede consultarse el hilo
https://aprenderaprogramar.com/foros/index.php?topic=3894.0 Al quitar el script del body en principio ya no habrá problemas en cuanto al orden de ejecución. En mi navegador se ve "Ejercicio curso aprenderaprogramar.com" e inmediatamente salta la petición de que se ingrese un número a través del prompt.
Sobre la introducción de saltos de línea, el problema puede estar relacionado con el propio carácter de textContent que en cierta manera limite los caracteres y posibilidades que admite al considerar todo texto. He hecho una prueba por curiosidad, y si uso <br/> y innerHTML sí me introduce los saltos de línea.
Salu2