Tu pregunta tiene todo el sentido, según lo que aprendí podés almacenar el estado de un objeto por ejemplo en un archivo y luego recuperarlo. Eso se llama serialización.
Tu otra pregunta: ¿Es que esos objetos no son "nada"?
Una vez que creas una clase, y la instancias, el resultante es un objeto, no es que "no son nada" o son una clase, o un objeto. Acuérdate que en una clase se definen los atributos y métodos de un objeto, allí se encuentra la definición de todos los objetos que crees. La diferencia entre una clase y un objeto, es que un objeto posee un estado.
¿No quedan en ningún sitio?
Sí, una vez que ejecutas tu aplicación java, los objetos se encuentran en la JVM (para no ser tán específico), pero una vez que recompilas la clase, los objetos que no hayas serializado o almacenado se pierden. Tratá de investigar más sobre esto en internet.
pd: Yo también lo voy hacer, tratá de averiguar el la documentación oficial Java.
¿No es código Java?
Todo es código java, la diferencia la mencioné mas arriba.
Espero que te haya ayudado. Saludos!
El secreto del éxito es la constancia
Benjamin Disraeli