Hola arcanFAC, hay un detalle que te podrías plantear: ¿es realmente necesaria la variable contador? Fíjate que tienes esta variable dentro de un bucle for, el propio bucle for ya cuenta, por lo que no sería necesario usar otra variable adicional para contar. En este caso contador equivale a i+1 siendo i la variable que cuenta en el bucle for
El código quedaría así:
import java.util.Scanner;
public class Comparacion2{
public static void main(String[] args){
Scanner sc = new Scanner(System.in);
String palabra1, palabra2;
System.out.println("Por favor ingrese dos palabras que desea comparar");
palabra1 = sc.next();
palabra2 = sc.next();
int mayor;
if(palabra1.length() > palabra2.length()){mayor = palabra1.length();}
else{mayor = palabra2.length();}
for(int i=0; i<mayor; i++){
System.out.print("Letra " + (i + 1) + " igual en las dos palabras? ");
if(palabra1.length() >= i+1 && palabra2.length() >= i+1){
if(palabra1.substring(i, i+1).equals(palabra2.substring(i, i+1))){System.out.println("True");}
else {System.out.println("False");}
}
else if(palabra1.length() < palabra2.length()){
System.out.println("La palabra 1 no tiene letra " + (i+1));
}
else {
System.out.println("La palabra 2 no tiene letra " + (i+1));
}
}
}
}
Salu2