Te comento las cosas que no me parecen correctas:
1. Si has declarado Porcentaje as Double previamente, ¿para qué lo vuelves a declarar como Porcentaje as Single? Si ya lo tienes declarado, no veo para qué volverlo a declarar.
2. Si has declarado una variable que se llama Comision, ¿cómo estás usando una variable que se llama Comisionanual? Si es la misma variable, no necesitarás declararla de nuevo. Si es una variable distinta, necesitarás declararla con su nombre correcto.
Con respecto a la configuración de tu ordenador para el uso de punto o coma como separador decimal, usa el separador que te funcione. Podrías implementar el que cuando se introduzca un separador no válido te lo transforme automáticamente en el otro, pero eso ya serían mejoras. Lo primero es conseguir que el programa funcione. Saludos.