Hola Sintoex!
A priori yo creo que tiene mucho sentido y grandes ventajas.
Como dices, las rutas no son iguales en un sistema operativo y en otro. Tampoco lo serían las entradas de usuario, por ejemplo del teclado de Windows al de Mac. Y puede que incluso unas bibliotecas esten denominadas de distinta forma en uno u otro sistema, pero muchas al final hacen lo mismo, solo varia el nombre.
La gran ventaja que observo yo, es que el grueso de la aplicación no varia en absoluto de una plataforma a otra. No tienes que reescribir la aplicación completamente desde cero para adaptarla de un sistema operativo a otro. Simplemente con cambiar las rutas de los archivos, modificar los inputs (algo más acuciante si pasas de un sistema de "sobremesa" a uno móvil, por ejemplo), modificar la sintaxis de las llamadas a algunas bibliotecas, y algunas cosillas más y voila! tienes exactamente la misma aplicación, exportada a distintos sistemas operativos.
Es mi humilde opinión, pero a mi parecer es un gran avance el no tener que reescribir toda la aplicación de nuevo.
Un saludo!