Hola nestor!
recuerda siempre que escribas código en el foro, pulsar antes la tecla con el símbolo # y a continuación escribir el código en medio de las dos etiquetas que te saldrán
[cod]aqui tu código[/cod].
Por otra parte e verificado el código que as suministrado, y estoy de acuerdo con lo que indicas, al ejecutar el método main en principio te pide introducir la entrada 1 y al pulsar enter salta a otra entrada de teclado sin indicaciones, al pulsar enter luego de estas dos entradas entonces pide introducir la entrada 2 y así sucesivamente hasta completar 6 entradas en lugar de 3 entradas.
Si te fijas las entradas reales, o mas bien las que se están almacenando son las entradas 2, 4 y 6. Las entradas 1, 3 y 5 surgen debido a que en el método main se han creado 3 objetos de tipo EntradaDeTeclado y puesto que en el constructor de la clase EntradaDeTeclado se a inicializado el metodo pedirEntrada(); al crear un objeto de tipo EntradaDeTeclado en el metodo main mediante la sentencia: EntradaDeTeclado entrada1 = new EntradaDeTeclado(); y luego declarar entrada1.pedirEntrada(); lo que esta pasando es que sale por pantalla tanto la entrada que trae el objeto como la entrada que se declara directamente con la sentencia: entradaX.pedirEntrada();
Para corregir esto yo plantearía 2 opciones.
Opción 1: No inicializar el método pedirEntrada(); en el constructor de la clase EntradaDeTeclado.
Opcion 2: Si inicializar el método pedirEntrada(); en el constructor de la clase EntradaDeTeclado, pero no declarar la sentencia entradaX.pedirEntrada(); en el método main.
Ambas opciones corregirían el problema el cual se podría catalogar como un descuido de programación.
Espero a ver aclarado tu duda.
Salu2!