Pues no pidas cuantas calificaciones quiere ingresar.
Simplemente pide tres calificaciones, con un bucle for es más sencillo:
public class TP5Evaluativo {
public static void main(String[]args){
Scanner neme=new Scanner(System.in);
String nom;
System.out.println("ingrese el nombre del alumno");
nom=neme.next();
double prom=0.0,suma=0.0;
for(int i=1; i<=3; i++){
double cal;
System.out.println(i + "# calificacion: ");
cal=neme.nextDouble();
suma=suma+cal;
}
prom=suma/3.0;
System.out.println("el promedio del alumno"+nom+" es "+prom);
}
Aclarado esto, me surge una duda al leer tu primer mensaje:
que permita administrar objetos que contengan el nombre y las 3 calificaciones
¿Al decir
objetos te refieres a crear una clase Alumno, cuyos atributos sean nombre y 3 calificaciones?
Porque si te refieres a eso, no es lo que estamos haciendo en este código.