El patrón MVC no es exclusivo para web.
Fue diseñado para aplicaciones de escritorio y, de hecho, cuando se quiso aplicar a entornos web no resultaba del todo adecuado.
Aún se pueden encontrar artículos antiguos
como este de 2011 sobre "la farsa" de usar MVC en la web.
No es que fuera mala o buena opción, es que la web por su filosofía dinámica, es imposible aplicar un MVC "real".
Hoy día, las herramientas de desarrollo web han madurado y se adaptan mejor al MVC.
Hay otros patrones como los que enlazaba
daenius, pero son enfocados a situaciones más concretas y no tienen sustituyen a MVC, si no que lo complementan.
Es decir, podemos hacer un programa con patrón MVC, donde en el modelo usemos el patrón Strategy para la creación de determinadas clases y el patrón DAO para la obtención de datos guardados.
Sí hay alternativas al patrón MVC como: PAC(Presentación–Abstracción–Control), MVA (Modelo-Vista-Adaptador),MVP(Modelo-Vista-Presentador) o MVVM (Modelo-Vista-VistaModelo).
Por sus siglas, podemos adivinar que en realidad son evoluciones del MVC original, el cuál fue ideado allá por el año 1979.
Las cosas han cambiado mucho desde entonces y aunque el MVC sigue siendo aplicable, en muchos ámbitos, como aplicaciones web o aplicaciones móviles, no resulta del todo eficiente y por eso han surgido variantes y evoluciones para cada caso.