Hola Rocío, nosotros trabajamos en desarrollos web freelance principalmente con Php y MySql. Las herramientas que utilizamos son variadas. Aquí puedes ver algunas de ellas como filezilla, gimp, fileseek, etc.:
http://aprenderaprogramar.com/index.php?option=com_content&view=category&layout=blog&id=57&Itemid=179Muchas veces el cliente pide un CMS concreto según los objetivos del desarrollo: Joomla, WordPress, Drupal, Prestashop, etc. Nos adaptamos a lo que se plantee como objetivos. También hay casos en que se crean desarrollos específicos utilizando frameworks como CodeIgniter ó CakePhp.
Algunos trabajos son de desarrollos nuevos, otros de migraciones o reparaciones de sistemas ya existentes, otros de mejoras en sistemas ya existentes... depende de las necesidades del cliente.
No sé si tu consulta iba en esta línea, espero haber aclarado algo, saludos