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Didáctica y divulgación de la programación

Buenas, espero que se encuentren bien.

Necesito ayuda para la comprensión de un código, realmente "entiendo" (nótese comillas) lo que está pasando... Pero no del todo:

     
//HorasTotrales es un objeto Scanner
Semanas = HorasTotales / 168;
Dias = HorasTotales%168 / 24;
Horas = HorasTotales%24;

¿Qué está pasando?, ¿por qué se usa el "%"? (¿se usa el resto para reducir valores para lo que son los días y horas? No entiendo), agradecería mucho si es que también me lo podrían explicar con detalle.

Ah vale, ya entiendo. Con lo de "preferencia" me refería a que el programa tiene ya de manera "predeterminada" la entrada de un tipo de dato

Entonces, un objeto Scanner al querer usarlo de manera "universal", es probable que no tome en cuenta algunos valores, en este caso, con mi programa, se saltea la entrada del dato String, ya que la última entrada de datos fue con un valor int, ocasionando que al volver ocupar el Scanner se genere ese "retorno de carro".

Buenas, espero que se encuentren bien.
(Detalles sobre el programa, por si necesitan esa información)
En mi último proyecto, intenté programar un registro de usuario, el trabajo de este es simple, después del registro, el usuario tiene que volver a colocar sus datos (Nombre y contraseña), para que después el programa los compare, en el caso de que los datos coincidan, se imprimirá un mensaje en la pantalla diciendo que el "registro" de la cuenta se haya creado de manera satisfactoria, acompañado con un mensaje con el nombre del usuario, de lo contrario, el programa preguntará si quieres crear una nueva cuenta, en el caso de que no, pues cierra el programa, en el caso de que sí, se activará un bolean.
(Aquí mi duda)
Bien, y para esto utilizaba obviamente una clase Scanner, para poder introducir datos por teclado, y todas las variables eran dependientes de solo un objeto Scanner (llamado "Input").
Todas estas acciones, dependían de una booleana, ya que con esta inicializaba un bucle do-while, y he aquí mi duda, al momento de que el programa iniciará todo iba normal, pero al momento de repetir el proceso mediante el do-while, por alguna razón, en la parte en donde se tenía que colocar un nombre, se saltaba, quedando un espacio en vacío, no tenía ni idea del porqué pasaba (incluso creí que era bug del IDE), pero resultaba que al momento de introducir el nombre del usuario, la variable String estaba ocupada, incluso si en algún momento del código especificaba  sobre dejarla vacía (Usuario = "") no funcionaba, pero en cuanto cambie de objeto Scanner se soluciono, ¿por qué pasa esto?, ¿qué me recomiendan para utilizar mejor la clase Scanner?

¿Entonces la estructura del código está bien? Pues, muchas gracias.
También tengo otra duda, ¿es también optimo hacerlo con un bucle do-while? Si no me equivoco, este bucle al menos garantiza que se realice un bloque del código una vez, y no entrará en el bucle si cierta condición no se cumple, creo que quedaría más profesional.