Hola zequi, si hay que realizar una operación sobre una base de datos, como bien dices lo más lógico es entrar directamente por MySQl y operar directamente. No obstante, hay situaciones en que es necesario que la base de datos se modifique automáticamente cuando ocurra algo. Por ejemplo imagínate que tienes una página web donde se pueden registrar usuarios. El usuario rellena un formulario y al darle a enviar esa información se debe escribir en la base de datos: de eso se encarga un fragmento de código PHP o de otro lenguaje. No vas a estar manualmente recibiendo formularios con datos, abriendo manualmente la base de datos, guardando datos, etc. Por tanto usar un lenguaje como PHP sirve para que las operaciones sobre la base de datos se hagan automáticamente sin necesidad de tener que estar accediendo manualmente a la base de datos. Saludos