He tenido un problema similar y también he perdido mucho tiempo dandole vueltas, te comento los pasos que he dado hasta resolverlo:
Vamos a la carpeta c:/Windows y buscamos regedit.exe. Pulsamos sobre él, botón derecho y "ejecutar como administrador"
Buscamos la carpeta del registro a borrar, botón derecho y elegimos "permisos". Ahí veremos que nos indica que "No hay ningún grupo ni usuario con permiso de acceso a este objeto..."
Pulsamos sobre Agregar...
En la ventana Seleccionar usuarios o grupos pulsamos sobre "Avanzadas..." y luego sobre "Buscar ahora"
Elegimos Administradores y pulsamos aceptar, luego aceptar de nuevo.
Ya nos aparecerá administradores como usuarios, ahora pulsamos en "Permitir control total" y aceptar.
Seguidamente botón derecho sobre la carpeta a eliminar y elegimos eliminar. Nos pregunta ¿Está seguro de que desea eliminar permanentemente esta clave y todas sus subclaves? Elegimos sí