He resuelto el ejercicio con el código que añado, me parece que a partir de ahora por lo que leo en el foro cada uno tiene una manera distinta de hacer.
/**
 * Ejercicio propuesto en CU00662B
 * Sobre la utilización del método equals
 * 
 * @author Amateu 
 * @version 0 
 */
import java.util.Scanner; //Importación del código de la clase Scanner desde la biblioteca Java
public class testEquals
{
    public static void main (String [ ] args) {
        System.out.println ("Comparamos las letras de dos palabras");      
        System.out.println ("Por favor introduzca la palabra 1:");
        String entradaTeclado1 = "";
        Scanner entradaEscaner1 = new Scanner (System.in); //Creación de un objeto Scanner
        entradaTeclado1 = entradaEscaner1.nextLine (); //Asignamos con un metodo de Scanner
        System.out.println ("Por favor introduzca la palabra 2:");
        String entradaTeclado2 = "";
        Scanner entradaEscaner2 = new Scanner (System.in); //Creación de un objeto Scanner
        entradaTeclado2 = entradaEscaner2.nextLine (); //Asignamos con un metodo de Scanner
        
        int orden = 1;//En vez de poner a 0 inicializo con una de las dos posibilidades
        int maximalength = entradaTeclado2.length();
        int minimalength = entradaTeclado1.length();
        if (entradaTeclado1.length() > entradaTeclado2.length()) 
        {
            maximalength = entradaTeclado1.length();
            minimalength = entradaTeclado2.length();
            orden = 2;
        }    
        for (int i=0; i < minimalength ;  i++)  
        {
            System.out.println ("¿Letra " + (i+1) + " igual en las dos palabras? " + 
            entradaTeclado1.substring (i, i+1).equals(entradaTeclado2.substring (i,i+1)) + "." );  
        }
        for (int i=minimalength; i < maximalength ;  i++)  
        {
            System.out.println ("¿Letra " + (i+1) + 
            " igual en las dos palabras? La palabra " + orden + " no tiene letra " + (i+1));  
        }       
    } //Cierre del main
} //Cierre de la clase