Es normal liarse un poco sobre todo al principio. Cuando se trabaja con notepad++ o en general con documentos de texto, hay que diferenciar dos cosas:
a) La codificación que utiliza el documento. La codificación vendría siendo el conjunto de caracteres que se usa para construir el texto. Por ejemplo imagínate que usas "codificación inglesa", entonces no podrías usar la ñ porque en el alfabeto inglés no está la ñ. En notepad++ la codificación se establece en el menú "Formato" y la codificación que debes elegir en principio es UTF-8 sin BOM.
b) El lenguaje en el que se está trabajando. Se refiere al lenguaje de programación o lenguaje de etiquetas que se utilice, que puede ser Java, Visual Basic, C, C++, C#, HTML, XML, etc.
Entonces si como me comentas estás con HTML lo que tendrías que hacer es ir al menú "Formato", buscar la H y elegir HTML para que notepad++ reconozca que estás trabajando en HTML y tengas disponibles las opciones y forma de visualización propias de html.
Por otro lado, cuando guardes el documento tendrás que ponerle un nombre como miPaginaWeb.html, es decir, con extensión html.