Hice alguna modificación en tu código para guiarte un poco espero que te ayude.
import java.util.Scanner;
public class ComparaLetrasCadenas {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Por favor introduzca la primera cadena por teclado:");
Scanner entradaEscaner1 = new Scanner(System.in);
String entradaTeclado1 = entradaEscaner1.nextLine();
System.out.println("Por favor introduzca la segunda cadena por teclado:");
Scanner entradaEscaner2 = new Scanner(System.in);
String entradaTeclado2 = entradaEscaner2.nextLine();
int limiteMayor;
int limiteMenor;
int palabra;
if (entradaTeclado1.length() > entradaTeclado2.length()) { //establecemos los limites del bucle y los fin de cadena
limiteMayor = entradaTeclado1.length();
limiteMenor = entradaTeclado2.length();
palabra = 2;
} else {
limiteMayor = entradaTeclado2.length();
limiteMenor = entradaTeclado1.length();
palabra = 1;
}
for (int i = 0; i < limiteMayor; i++)//hacemos un bucle
{
// System.out.println("¿Letra " + i + " igual en las dos palabras?");
if (i < limiteMenor) {
// System.out.println(entradaTeclado1.substring(i - 1, i).equals(entradaTeclado2.substring(i - 1, i)));
System.out.println("¿Letra " + (i + 1) + " igual en las dos palabras? " + (entradaTeclado1.substring(i, i + 1).equals(entradaTeclado2.substring(i, i + 1))));
} else {
//System.out.println("La palabra 1 no tiene letra " + i);
System.out.println("La palabra " + palabra + " no tiene letra " + (i + 1));
} /*else if (entradaTeclado1.length() > entradaTeclado2.length()) {
System.out.println("La palabra 2 no tiene letra " + i);
}*/
}
}
}
no borre deje en comentario nomas para mirar y hacer comparación