Hola kansadostoy, te comento sobre lo que indicas:
1. Si quieres usar Eclipse, puedes hacerlo. Podrás escribir el código igualmente y crear los programas igualmente. Lo que variará son algunos detalles sobre cómo se hacen las cosas (por ejemplo detener un programa en ejecución). Si lo haces con blueJ tendrás todo resuelto en la propia información del curso, si lo haces con Eclipse tendrás tú que buscar un poco de información en internet para esas pequeñas cosas que varían, lo que te llevará un poco más de tiempo. Tú decides.
2. BlueJ es un IDE relativamente ligero, por lo tanto si lo que te preocupa es ocupar más espacio en tu ordenador, te diría que te despreocupes de eso; incluso puedes usarlo y cuando termines el curso lo desinstalas y sigues con Eclipse.