Buenas, respecto a por qué no se envían los valores modificados, esta podría ser la explicación.
En la función function chequearForm() se define una variable local var valorEmail = textoIngresado[2].value;
Lo que se modifica depués con valorEmail = pasarAMinusculas(valorEmail); es la variable local, no el valor almacenado en el nodo HTML que se va a pasar con el formulario. El valor que se pasa con el formulario sigue siendo el mismo porque no se ha modificado, lo que se ha modificado es una variable local.
Para modificar un nodo primero debemos recuperar su referencia con document.getElement y luego modificar los atributos de esa referencia.
Otra cuestión que podría hacerse en este ejercicio (aunque esto no es obligatorio ya que no se pide) es evitar que se envíe el formulario si los datos no son correctos. Esto puede lograrse haciendo que la función de chequeo devuelva false (el formulario no se enviará) o devuelva true (el formulario sí se enviará).
Puede verse un ejemplo de cómo se hacen ambas cosas en
https://aprenderaprogramar.com/foros/index.php?topic=6925.0Salu2