Aquí os dejo mi resolución para el ejercicio planteado en esta entrega CU00680B del tutorial de programación en Java desde cero;
/**
 * class MiniCalculadoraEjemplo here.
 * 
 * @author (Umadara) 
 * @version (1.0 11/7/2016)
 */
import java.util.Scanner;
public class MiniCalculadoraEjemplo
{
    
    public static void main (String [] args) {
        Scanner entrada = new Scanner (System.in);
        
        System.out.println ("elija a si desea utilizar el método valor absoluto, \nelija r si lo que desea es realizar la raiz cuadrada");
        
        String opcion = entrada.nextLine();
        
        if (opcion.equals("a") ){
            double valor = 0.0;
            
            System.out.println ("inserte el número con el cual quiere operar");
            
            valor = entrada.nextDouble();
            
            System.out.println(Metodos.valorAbsoluto(valor));
        }
        
            if (opcion.equals("r")) {
            
            double valor = 0.0;
            
            System.out.println ("inserte el número con el que quiere operar");
            
            Metodos calculadora = new Metodos();
            
            valor = entrada.nextDouble();
    
            System.out.println(calculadora.raizCuadrada(valor));
        }
    }
}
/**
 * Métodos es una clase que contendra los métodos utilizados por la calculadora
 */
import java.lang.Math;
public class Metodos
{
    /**
     * El método valorAbsoluto como su propio nombre indica transforma valores double y nos muestra su valor absoluto
     * @param  el parámetro que se inserta en este método será de valores double 
     * @return  el método nos devolverá el valor absoluto del número indicado
     */
    public static double valorAbsoluto( double valor)
    {
       return Math.abs(valor);
    }
    
    /**
     * El método raizCuadrada calculará la raiz cuadrada.
     * @param  el parámetro que se inserta en este método será de valores double 
     * @return  el método nos devolverá la raiz cuadrada del número indicado
     */
    public double raizCuadrada( double valor) {
        
        return Math.sqrt(valor);
    
    }
}
aquí os dejo las imágenes de la documentación generada.

