Hola javier, la diferencia entre usar php y javascript estaría en que php se ejecuta del lado del servidor y por tanto el código no reside en el ordenador del usuario, mientras que con javascript la ejecución es del lado del cliente (ordenador del usuario) y el código se ejecuta y se encuentra en su ordenador. Con javascript no necesitas comunicar con el servidor y estar intercambiando información con lo que la apariencia es de que el proceso es rápido. Ambas opciones pueden ser válidas, depende de cómo quieras plantear el proceso. Por ejemplo si el usuario escoge una opción en una pantalla y luego en la siguiente pantalla se le van a mostrar los datos usaríamos php; si quieres que en una misma pantalla el usuario vea dinámicamente cómo varían los precios en función de que escoja una opción u otra puedes usar javascript.
En procesos con precios debes tener una validación del lado del servidor para evitar que un usuario por error o por mala intención manipule los datos. Por ejemplo, supón que el precio inicial es 1000 y después del cálculo realizado es 1010. Si lo haces por javascript luego debes validar en php que el valor que te llega es correcto, por ejemplo que no te pueda llegar precio inicial 1000 y después del cálculo 850 porque eso sería erróneo.