He resuelto el ejercicio con el código que añado, me parece que a partir de ahora por lo que leo en el foro cada uno tiene una manera distinta de hacer.
/**
* Ejercicio propuesto en CU00662B
* Sobre la utilización del método equals
*
* @author Amateu
* @version 0
*/
import java.util.Scanner; //Importación del código de la clase Scanner desde la biblioteca Java
public class testEquals
{
public static void main (String [ ] args) {
System.out.println ("Comparamos las letras de dos palabras");
System.out.println ("Por favor introduzca la palabra 1:");
String entradaTeclado1 = "";
Scanner entradaEscaner1 = new Scanner (System.in); //Creación de un objeto Scanner
entradaTeclado1 = entradaEscaner1.nextLine (); //Asignamos con un metodo de Scanner
System.out.println ("Por favor introduzca la palabra 2:");
String entradaTeclado2 = "";
Scanner entradaEscaner2 = new Scanner (System.in); //Creación de un objeto Scanner
entradaTeclado2 = entradaEscaner2.nextLine (); //Asignamos con un metodo de Scanner
int orden = 1;//En vez de poner a 0 inicializo con una de las dos posibilidades
int maximalength = entradaTeclado2.length();
int minimalength = entradaTeclado1.length();
if (entradaTeclado1.length() > entradaTeclado2.length())
{
maximalength = entradaTeclado1.length();
minimalength = entradaTeclado2.length();
orden = 2;
}
for (int i=0; i < minimalength ; i++)
{
System.out.println ("¿Letra " + (i+1) + " igual en las dos palabras? " +
entradaTeclado1.substring (i, i+1).equals(entradaTeclado2.substring (i,i+1)) + "." );
}
for (int i=minimalength; i < maximalength ; i++)
{
System.out.println ("¿Letra " + (i+1) +
" igual en las dos palabras? La palabra " + orden + " no tiene letra " + (i+1));
}
} //Cierre del main
} //Cierre de la clase